Hola bienvenido a linux para todos, el problema básicamente que nos describes esta relacionado no con los permisos si no con las variables de entorno, que son elementos que usan los programas para ejecutarse correctamente, parece a simple vista que no hay un buen enlece con la terminal.
A continuación te dejamos un link de foro de debian donde explica más a detalle el problema
Foro de debiany la solución que se plantea es la siguiente:
1
2+ agregar un icono de la terminal a el panel
3+ dar click con el botón derecho a ese icono
4+ seleccionar sus propiedades
5+ remplaza su comando:
6gksu -D Terminal -- env -u ORBIT_SOCKETDIR /usr/bin/x-terminal-emulator
7
8por :
9gksu -D Terminal -- env -u ORBIT_SOCKETDIR -u DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS /usr/bin/x-terminal-emulator
Esperamos ser de apoyo. Nos gustaría que nos contaras tu experiencia y si se solucionó el problema.
att jonatan perea